خدمات RNAi

تا همین یکی دو دهه قبل برای مطالعات کاهش عملکرد ژنها، فناوری هایی همچون antisense, ribozyme و … مورد استفاده قرار می گرفتند. فناوری های یاد شده بخاطر تکرارپذیری ضعیف، هزینه بالا و زمان زیاد دسترسی به نتایج، قادر به برآوردن نیازهای فزاینده دوره پساژنوم از جمله نیاز به مطالعه در مقیاس وسیع عملکرد ژنها  نبودند. با ظهور فناوری siRNA، امکان های فراوانی در خصوص مطالعات سرکوب ژنی (gene supression) متصور شدند. 

siRNA واژه ای برای RNA های ۲۰-۲۵ بازی دو رشته ای است که هردو نوکلئوتید ‘۳ انتهایی آن جفت نشده باقی مانده اند. هنگامی که siRNA به سلول وارد می شود، با مجتمع پروتئینی به نام “مجتمع خاموش سازی القا شده توسط رنا (RISK)” ملحق می شوند و با هدایت این مجتمع به سوی رنای پیامبر(mRNA) هدف (مکمل توالی) خود، روندی را آغاز می کنند که منجر به تجزیه رنای پیامبر هدف می شود. 

فناوری siRNA بخاطر: کاهش زمان و هزینه مورد نیاز، تأثیر در غلظتهای پائین تر از فناوری های مشابه و نیز اختصاصیت (specificity) بالا، از مؤثرترین روش ها برای خاموش کردن ژن های هدف محسوب می شود. مطالعات عملکرد ژنها و اعتبار سنجی آنها، اعتبار سنجی هدف داروها، مطالعات ژن درمانی و … از عرصه های کاربرد این فناوری به شمار می روند. 

بازیگر اصلی و رهبر بازار (Market Leader) فناوری RNAi در آسیا شرکت کره ای بایونیر است. برخی از عرصه های فعالیت این شرکت در زمینه RNAi عبارتند از: 

• ساخت (سنتز) siRNA

• کتابخانه های از پیش طراحی شده siRNA

• آغازگرهای PCR برای اعتبارسنجی Knockdown  ژن ها

• کتابخانه های siRNA انسانی اعتبار سنجی شده

• siRNAهای کنترل (مثبت و منفی)

• کتابخانه های miRNA mimic  های انسانی و بازدارنده های آنها

تمامی siRNAهای شرکت بایونیر توسط نرم افزار Turbo si-Designer که اختصاصا برای این امر تهیه شده است طراحی می شوند. این نرم افزار نواحی هدف کارآمد برای siRNA  با نسبت بالای حذف ژنی را شناسایی می کند. عوامل مهمی همچون ترکیب بازی، ناپایداری ترمودینامیک و … در الگوریتم طراحی لحاظ می شوند و siRNAهایی که شامل موقعیت های SNP باشند حذف می گردند و در انتها siRNAهای غیر اختصاصی شناسایی شده توسط جستجوی هومولوژی با الگوریتم های Blast و “Smith-Waterman ” کنار گذاشته می شوند. نتیجه، siRNA ای با حذف کنندگی بالا و اثرگذاری کمینه در نواحی غیر هدف است.

siRNA های آماده

بیش از ۱۳۲،۰۰۰ siRNA از پیش طراحی شده برای بیش از ۴۴،۰۰۰ ژن هدف در انسان، موش و rat قابل جستجو و سفارش اند. اگر ژن مورد علاقه خود را یافتید، مقدار siRNA مورد نیاز و سطح خالص سازی مورد نیاز خود را تعیین کنید و سفارش دهید. 

پرایمر های qPCR آماده

برای اعتبار سنجی (Validation) عملکرد siRNA ها، حتی می توانید آغازگر (پرایمر) های Real-Time PCR طراحی شده و آماده مصرف خود را نیز سفارش دهید. 

 siRNA های کنترلی

siRNA های کنترل مثبت برای القای نابودی (Knockdown) مؤثر ژن های هدف خود طراحی شده اند. siRNA ای که یک ژن درونزا (GAPDH) را هدف می گیرد به همراه یک سامانه گزارشگر (لوسیفراز/GFP) مثالی از این محصول است.

siRNA های کنترل منفی، هیچ ژن شناخته شده ای در انسان، موش و rat را هدف نمی گیرند. این کنترل منفی ها می توانند پس از علامتگذاری با نشانگر فلؤورسانس، برای پایش ساده تر کارآیی transfection مورد استفاده قرار گیرند.

miRNA mimics & inhibitors

مقلد های میکرو رنا، رناهای دورشته ای هستند که به روش شیمیایی ساخته می شوند.

این الیگو ریبو نوکلئوتیدها برای ۱،۷۸۲ میکرورنای انسانی موجود در پایگاه داده های توالی میکرورنا ها (miRBase) ، قابل سفارش اند. 

بازدارنده های میکرورنا (miRNA inhibitors)، رناهای تک رشته ای هستند که برای همه توالی های میکرورنای انسانی پایگاه داده های miRBase قابل ارائه اند.  

این miRNA mimic و بازدارنده ها در مقادیر تضمین شده ۵، ۱۰ و یا ۲۰ نانومول قابل ارائه اند.  ارائه مجموعه ای  موارد ذکر شده با طراحی دلخواه  در صفحات ۹۶ خانه (plates) با مقادیر پایین ۰/۲۵، ۰/۵، ۱ و یا ۲ نانومول نیز برای مصارف خاص مشتریان امکان پذیر است.

اگر می خواهید siRNA خودتان را بسازید:

1. فرم سفارش ساخت SiRNA را از روی سایت (صفحه دانلود/فرمهای ضروری) بردارید.
2. مشخصات کامل درخواست کننده شامل: آدرس کامل و تلفن در دسترس/ همراه را به دقت در فرم وارد نمایید.
3. در صورت متفاوت بودن درخواست کننده با فاکتور شونده حتماً مشخصات کامل فاکتور شونده را نیز وارد نمایید.
4. برای هر جفت (Sense-Antisence) SiRNA خود نام اختصاصی انتخاب نموده (کمتر از ۱۰ کاراکتر) و در قسمت ” Name” وارد نمایید.
5. در ستون Sequences، فقط توالی SiRNA مورد نظرتان را از جهت ‘۵ به ‘۳ بنویسید و از نوشتن عدد، فاصله (space)، تغییرات شیمیایی و … خودداری کنید.
6. تغییرات شیمیایی (modification) مورد نظر را، در صورت وجود، از لیست بازشونده در فرم انتخاب و در ستون مربوطه ثبت نمایید (در صورتی¬که تغییرات مورد نظرتان در لیست موجود نیست با ما تماس بگیرید).
7. مقدار تحویلی SiRNA مربوطه را نیز از لیست بازشونده انتخاب نموده و در ستون “Amount” در مقابل توالی وارد نمایید.
8. روش خالص سازی را بسته به کاربرد خود، از بین دو گزینه OPC و HPLC انتخاب نموده و در ستون “Purification” در مقابل توالی مربوطه ثبت نمایید.
9. فرم تکمیل شده را بوسیله رایانامه (email) به نشانی info {at} takapouzist.com ارسال نمایید، در اسرع وقت همکاران ما برای صدور پیش فاکتور و انجام مراحل سفارش با شما تماس خواهند گرفت.

بروشور خدمات سنتز siRNA بایونیر (دقت کنید که برخی خدمات و یا شرایط ارائه آنها ممکن است در ایران متفاوت باشد.)

راهنمای کاربری siRNA

راهنمای کاربری AccuTarget: کتابخانه آغازگرهای Real-Time PCR (برای صحه گذاری/تعیین میزان خاموشی ژنها توسط siRNA) 

پروتکلی برای آنیلینگ siRNA