آنزیم های برشگر

انتخاب آنزیم برشگر

با توجه اطلاعات موجود در فایل آنزیم یاب، می توانید آنزیم دلخواه خود را انتخاب نمایید و رمزینه (کد) آن را به ما اعلام نمایید. 

آنزیمهای برشگر سریع

بسیاری از آنزیمهای ارائه شده توسط تکاپو زیست  کار خود را در بازه زمانی ۵ تا دقیقه به اتمام می رسانند. برای اطلاع از جزئیات واکنش هر آنزیم لطفا به پوستر مربوط نگاه کنید.

یک بافر برای همه آنزیمها (Universal Buffer)

تمامی آنزیمهای برشگر ارائه شده توسط تکاپو زیست می توانند با بهره گیری از تنها یک بافر مشترک برای هضم کامل مورد استفاده قرار گیرند. این مزیت می تواند بسیاری از مشکلاتی که هنگام هضم های دوگانه و چندگانه بروز می کنند را برطرف سازد.

دسترسی سریع به آنزیم های پرمصرف

از میان بیش از ۲۲۵ آنزیم تولیدی شرکت ینا بایوساینس (آلمان)، موجودی بیش از ۳۰ عنوان آنزیم پرمصرف در انبار تکاپو زیست ثابت نگاه داشته می شود تا ظرف چند ساعت در تهران و ۲۴ ساعت در شهرستان ها به دست مشتریان گرامی رسیده و پاسخگوی نیازهای پروژه های آنان باشد. فهرست این آنزیم ها را می توانید در لبه (tab) آنزیمهای پر مصرف و نیز در لیست قیمت مشاهده نمایید. 

سفارش آنزیم برای واردات

برای آنزیم هایی که در انبار شرکت موجود نباشند نیز پیش فاکتوری داده می شود که زمان تحویل در آن ذکر شده است (معمولاً حدود ۱ تا ۳ ماه) و در صورت تأئید پیش فاکتور، سفارش به جریان می افتد.

مهم: با توجه به احتمال اتمام موجودی برخی عناوین بسته به نوسان سفارش ها، اعلام موجودی قطعی فقط با استعلام از شرکت امکان پذیر است.

نحوه ارسال سفارش ها

تمامی آنزیم های برشگر با رعایت زنجیره سرد ارسال می شوند. تحویل در تهران معمولا به صورت حضوری (مراجعه مشتری) و یا ارسال توسط پیک و در شهرستان ها توسط شرکت های حملی همچون پیشتاز آسمان، چاپار، تیپاکس و… با زمان تحویل یک روزه صورت می گیرد.

با توجه به احتمال اتمام موجودی برخی عناوین بسته به نوسان سفارش ها، اعلام موجودی قطعی فقط با استعلام از شرکت امکان پذیر است.

تعیین فعالیت آنزیم های برشگر

سنجش فعالیت آنزیم های برشگر با اضافه کردن رقت های گوناگون آنزیم به بافر مناسب واکنش حاوی یک میکروگرم از DNA مربوط صورت می گیرد. بعد از یک تیمار ۶۰ دقیقه ای در دمای مناسب، هضم متوقف شده و نمونه های DNA با الکتروفورز ژل آگارز و اتیدیوم بروماید به تصویر کشیده می شوند. رقیق ترین آنزیمی که هضم کاملی انجام داده باشد مبنای محاسبه فعالیت آنزیمی بر مبنای واحد بر میکرولیتر  قرار می گیرد. لطفا دقت نمایید که فعالیت محاسبه شده وابسته به خصوصیات DNA مورد استفاده است و هنگام کار با DNA دیگر، تیتراسیون آنزیم برای تعیین فعالیت واقعی (یا مورد انتظار) می بایست تکرار شود.

کنترل های کیفی

برای تعیین خلوص آنزیم (بصورت کیفی) و عدم فعالیت هضم غیر اختصاصی آن از یک آزمون فراهضم (Over Digestion) استفاده شده است. در این آزمون مقادیر افزایشی آنزیم برشگر (معمولا ۱۰، ۲۰، ۳۰، ۴۰ و ۵۰ واحد) به مجموعه ای از لوله های آزمایش حاوی یک میکروگرم DNA مربوط اضافه می شود. پس از یک تیمار ۲۰ ساعته در شرایط توصیه شده هر آنزیم، میزان بیشینه آنزیمی که منجر به الگوی طبیعی، واضح و شفاف در الکتروفورز ژل آگارز/اتیدیوم بروماید شده است تعیین می گردد. برای موفقیت در این آزمون، الگوی هضم طبیعی آنزیم از هضم دوبرابری تا شرایط ۶۰۰ برابری فراهضم (واحد آنزیم x ساعت هضم) نمی بایست تغییر نماید. 

اگر آنزیمی در شرایطی کمتر از ۶۰۰ برابر فراهضم، فعالیت ستاره دار از خود بروز دهد، توضیح لازم در خصوص میزان عملیاتی مجاز برای عدم بروز پدیده مذکور در توضیحات/اسناد آن محصول درج می گردد.

آزمون سنجش اندونوکلئازی غیر اختصاصی

برای سنجش آلودگی به برشگر های غیر اختصاصی، هر آنزیم برشگری با پلاسمید سوپرکویلی که فاقد توالی شناسایی شونده توسط آن برشگر است تیمار (انکوبه) می شود. هر برش تک رشته ای غیر اختصاصی در RF I DNA، آن را به RF II تبدیل  میکند. مقادیر افزایشی آنزیم (معمولا ۱۰، ۲۰، ۳۰، ۴۰ و ۵۰ واحد) به مجموعه ای از لوله های آزمایش حاوی یک میکروگرم RF I DNA (فرم سوپرکویل) اضافه می شود. پس از تیمار ۲۰ ساعته در شرایط توصیه شده واکنش، دو فرم (سوپرکویل و مدور) با الکتروفورز تشخیص داده شده و درصد تبدیل سوپرکویل به حلقوی تعیین می گردد.

آزمون چسبیدن و برش مجدد (Ligation & recutting assay)

برای سنجش کیفیت DNA هضم شده، پس از انجام هضم کامل با شرایط ۱۰ و ۵۰ برابری آنزیم، DNA هضم شده توسط آنزیم لیگاز مجدداً چسبانده شده و دوباره توسط همان آنزیم برشگر مورد هضم قرار می گیرد. هریک از مراحل هضم اولیه، بازچسبانی و هضم مجدد با الکتروفورز ژل آگارز/اتیدیوم بروماید مورد بررسی قرار می گیرد.

الگوی طبیعی (نرمال) نوارهای الکتروفورزی، نشانگر انتهاهای ′۵ و ′۳ سالم (intact) و نیز عدم حضور آلودگی دیگر نوکلئاز ها و فسفاتاز ها خواهد بود. 

پایداری

تمامی آنزیمهای برشگر عرضه شده توسط تکاپو زیست، هر ۴ تا ۶ ماه مجدداً در شرکت سازنده مورد آزمایش قرار می گیرند و با توجه به نتایج درخشان آزمونهای یاد شده، شرکت سازنده بهترین تاریخ مصرف اکثر آنزیم ها را ۱۸ ماه تعیین کرده است.

یک واحد آنزیم (Enzyme Unit) چقدر است؟ 

یک واحد آنزیم برشگر بدینگونه تعریف می شود: مقدار آنزیم لازم برای هضم کامل یک میکروگرم از DNA (یا قطعات آن) در واکنشی به حجم ۵۰ میکرولیتر در ۶۰ دقیقه در شرایط بهینه ذکر شده برای هر آنزیم برشگر. 

معنی رنگ های مختلف در جدول فایل آنزیم یاب چیست؟ 

همانگونه که در توضیح پائین جدول مذکور نیز آمده است، ردیف های سبز، زرد و قرمز به ترتیب نشانگر اصل (خود) آنزیم ، ایزوشیزومر و نئوشیزومر آنهاست. یعنی مثلا به جای آنزیمPae I، ایزوشیزومر آن یعنی Sph I قابل ارائه است.

ایزوشیزومر(Isoschizomer): آنزیمهای برشگری که توالی شناسایی (Recognition Sequence) و الگوی برش (Cutting Pattern) یکسانی داشته باشند.

نئوشیزومر(Neoschizomer): آنزیمهای برشگری که توالی شناسایی آنها یکسان است ولی الگوی برش متفاوتی دارند. 

منظور از فعالیت ستاره ای/ ستاره دار (Star Activity) یک آنزیم برشگر چیست؟

گاه بخاطر تغییر شدید شرایط عملکرد بهینه یک آنزیم برشگر، الگوی الکتروفورزی محصول هضم آن تغییر می کند (تغییر ویژگی) و یا حتی گاه آنزیم به کلی اختصاصی بودن (عملکرد وابسته به توالی) خود را از دست می دهد که این پدیده فعالیت ستاره ای و به تعبیر بهتر فعالیت ستاره دار آنزیم برشگر نامیده می شود. 

گویا نخستین بار وقتی این پدیده در مورد EcoRI  در بویرزلب (Boyer’s lab) مشاهده شد، برای تمایز آن از فعالیت طبیعی آنزیم مذکور، ستاره ای به نام آن افزودند (*EcoRI) و این پدیده بدین نام مشهور گشت.

اهمیت پدیده “فعالیت ستاره دار” چیست؟

تغییرات در شرایط متنوعی از واکنش می توانند منجر به این پدیده شوند که از جمله آنها می توان از این عناوین نام برد:

تغییر قدرت یونی، PH بالا ، افزایش نسبت واحد آنزیمی به میکروگرم DNA هدف، حضور حلال های آلی همچون DMSO، اتانول، اتیلن گلیکول، دایمتیل استامید، دایمتیل فرمامید، سولفالین و …)، غلظتهای بالای گلیسرول (بیش از ۵ درصد حجمی/حجمی) و جایگزینی ++Mg با دیگر یونهای دوظرفیتی همچون منگنز، کبالت، روی و مس.

از آنجا که آنزیم های برشگر بصورت تجاری در غلظت های بالایی از گلیسرول ارائه می شوند، عدم رقیق سازی مناسب که معمولا در هضم های دوگانه یا چندگانه (Double/Multiple Digest) اتفاق می افتد، می تواند منجر به بروز این پدیده و عدم دستیابی به نتیجه دلخواه گردد.