تهران، خ سهروردی شمالی، خ خرمشهر، خ شهید عربعلی، خ نسترن(15)، پلاک 4 طبقه اول (+98-21) 43 90 8000

همراهی مطمئن در زيست مولکولی

تعیین توالی DNA

خانه خدمات تعیین توالی DNA

سریع، مطمئن، به صرفه!

  • کیفیت قابل اعتماد Phred Score (QV) : ≥ ۲۰٫

  • دسترسی سریع به نتایج.

  • دسترسی رایگان به بیش از ۴۰ عنوان آغازگر عمومی(Universal Primers).

  • کنترل کیفیت تمامی نمونه ها.

  • حفظ زنجیره سرد در ارسال نمونه ها به خارج از کشور(شرکت بایونیر، کره جنوبی).

 

ویژگیها/ مزایا

  • کیفیت قابل اعتماد Phred Score (QV) : ≥ ۲۰ . 

Phred Quality Score معیاری برای کیفیت شناسایی نوکلئوتیدها توسط سامانه های خودکار تعیین توالی DNA است. این معیار بصورت لگاریتمی با احتمال خطای خوانش بازها مرتبط است. وقتی گفته می شود که این معیار ۲۰ و یا بالاتر است بدین معنی است که یک باز در هر ۱۰۰ باز احتمال غلط خوانده شدن دارد و به عبارت دیگر نتایج تعیین توالی حداقل ۹۹% قابل اعتمادند.

  • دسترسی سریع به نتایج 

زمان تحویل نتایج بین یک تا سه هفته از زمان دریافت نمونه ها است. (میانگین زمان تحویل نتایج را در نشانگر صفحه نخست ببینید.)

نتایج توسط رایانامه (email) به نشانی رایانامه (ها) ای که در فرم آمده است در قالب های زیر ارسال می شود.

۱٫ فایل متن ساده (txt.*) شامل توالی نوکلئوتیدها.
۲٫ فایل کروماتوگرام قابل بررسی با نرم افزار Chromas و یا Bioedit.
3. فایل pdf.

 

  • دسترسی رایگان به بیش از ۴۰ عنوان آغازگر عمومی(Universal Primers). 
    اگر آغازگر(پرایمر)ی که می خواهید نمونه تان با آن تعیین توالی گردد در جدول زیر دیده می شود، احتیاجی به ارسال پرایمر به همراه نمونه تان ندارید. 

 

  • کنترل کیفیت(QC) تمامی نمونه ها. 

تمامی نمونه های ارسالی در شرکت بایونیر روی ژل آگارز الکتروفورز می شوند. در صورت دیده نشدن تک باند یعنی عدم رؤیت باند، باند ضعیف، دیده شدن اسمیر و یا دیده شدن چند باند (در مورد نمونه هایی که قرار نیست باند خاصی از ژل استخراج شود)؛ به مشتری اطلاع داده می شود تا در خصوص انجام یا عدم انجام تعیین توالی، تصمیم گیری نماید. در این مرحله اگر سفارش لغو شود، هیچ هزینه ای دریافت نخواهد شد.
نکته مهم: توجه داشته باشید که قبولی نمونه در آزمون کنترل کیفیت به منزله تضمین کیفیت نتایج تعیین توالی نیست و گاه ممکن است که با وجود گذراندن QC (و طبیعتا عدم اطلاع به مشتری)، تعیین توالی ناموفق و یا نتایج ضعیف و نامطلوب باشد. 

از سوی دیگر مواردی بوده اند که علیرغم هشدار کنترل کیفیت (مبنی بر باند ضعیف و ...) تصمیم مشتری بر انجام تعیین توالی منجر به نتایج دلخواهش شده است.

 

  • شرایط خدمت تعیین توالی :

تلاش ما همواره برای هرچه پایین تر نگاه داشتن قیمت های خدمات تعیین توالی و عدم دریافت هزینه setupبوده است، در کنار این که با بالا رفتن تعداد خوانش های مشتری در یک سری سفارش، تخفیف برای قیمت هر خوانش در نظر گرفته خواهد شد. برای اطلاع از نحوه محاسبه تخفیف ها می توانید به لیست قیمت مراجعه کرده و یا با ما تماس بگیرید.

خدمات کنونی تعیین توالی بدین گونه تعریف شده است که در صورت انجام تعیین توالی صرف نظر از موفقیت یا عدم موفقیت (failed)  خوانش، و یا پس از مرحله کنترل کیفی در صورت درخواست مشتری برای خوانش علیرغم وجود مشکل در نمونه، هزینه مربوط از مشتری اخذ خواهد شد.

  • خوانش مجدد رایگان از سوی اپراتور دستگاه و درخواست خوانش مجدد (Re-sequencing) از سوی مشتری :

در صورت عدم موفقیت خوانش اولیه، در صورتی که احتمال موفقیت در تکرار واکنش داده شود (مطابق با آن چه در فایل گزارش سکانس درج می شود، به تشخیص کارشناس تعیین توالی/اپراتور دستگاه شرکت بایونیر) بدون نیاز به درخواست مشتری یکبار دیگر خوانش تکرار خواهد شد.

اگر مشتری به هر علت برای نمونه ای درخواست خوانش مجدد (re-sequencing) داشته باشد، در صورتی که این خوانش مجدد منجر به نتیجه مشخصا بهتری شود تنها هزینه یکبار خوانش، ولی در صورت عدم موفقیت هزینه هر دو خوانش برای وی محاسبه خواهد شد.

تکمیل فرم سفارش
راهنمای تکمیل فرم سفارش تعیین توالی


۱٫ لطفاً فرم سفارش خدمات تعیین توالی را از سایت بردارید.
۲٫ قسمت مربوط به "مشخصات "فاکتور شونده" و "سفارش دهنده" را بصورت کامل و دقیق پرکنید (کدپستی فراموش نشود). دقت کنید که: 
• فاکتور شونده یعنی شخصی که فاکتور به نام وی صادر می شود و متعهد پرداخت وجه است. 
• سفارش دهنده یعنی شخصی که نمونه ها را ارسال می کند و برای پیگیری نتایج و . . . با شرکت در تماس است.
۳٫ در ستون "نام نمونه" دقیقاً همان نامی که روی ویال ها است، نوشته شود. نام نمونه ها را تنها با الفبای انگلیسی و حداکثر از پنج حرف/نشانه  انتخاب کنید.
۴٫ اگر قرار است یک نمونه با بیش از یک پرایمر خوانده شود، به تعداد پرایمرها به آن نمونه ردیف اختصاص دهید.
۵٫ در ستون نوع، مشخص شود که نمونه ارسالی محصول PCR ، پلاسمید و یا . . . است.
۶٫ در ستون اندازه، طول قطعه (محصولPCR یا طول قطعه کلون شده در پلاسمید) بر حسب bp نوشته شود.
۷٫ در ستون "غلظت نمونه" ، غلظت بر حسب ng/μl نوشته شود.
۸٫ در ستون "نمونه ها تخلیص شده اند" با بله یا خیر، مشخص کنید آیا نمونه هایتان تخلیص شده اند یا خیر.
۹٫ اگر نمونه شما تخلیص نشده است و می خواهید که تخلیص شود، در ستون رمزینه تخلیص رمزینه خدمت مورد نیاز نوشته شود.
* نکته: وجود موادی چون رنگ ها، نمک ها و پرایمر-دایمرها که از واکنش PCR باقی می ماند، همچنین باندهای غیر اختصاصی و اسمیر در محصولات PCR، در بیشتر موارد باعث دریافت نتیجه نامطلوب و سیگنال های چندگانه خواهد شد، بدین لحاظ توصیه اکید ما به مشتریان این است در صورتی که محصول PCR تخلیص نشده را برای تعیین توالی ارسال می نمایند حتما با وارد کردن کد موردنظر در قسمت مربوط در فرم، درخواست تخلیص هم بدهند. 
۱۰٫ در ستون مربوط به "نام پرایمر" اگر از پرایمر عمومی (Universal) استفاده می کنید، نام آن را بنویسید. اگر هم پرایمر اختصاصی خودتان را همراه با نمونه ها ارسال می کنید، نام آن را (دقیقاً مشابه آنچه روی ویال پرایمر نوشته اید) در این ستون بنویسید و سپس غلظت و حجم پرایمر ارسالی را در ستون های بعدی وارد کنید.
۱۱٫ در صورتیکه پرایمر مورد نیاز برای انجام تعیین توالی می بایستی ساخته شود علاوه بر ذکر نام پرایمر، توالی آن را در ستون توالی پرایمر (از جهت '۵  به '۳) بنویسید.

۱۲٫ تمام اطلاعات خواسته شده در فرم را بنویسید و هیچ قسمتی را خالی نگذارید.
۱۳٫ اگر فاکتور شونده و سفارش دهنده یک نفر هستند، اطلاعات بخش فاکتور شونده تکمیل شود و در بخش سفارش دهنده عبارت "همان" نوشته شود.
۱۴٫ اگر توضیح اضافه ای در مورد نمونه ها،تعیین توالی، صدور فاکتور و ... دارید می توانید از بخش توضیحات استفاده کنید.
۱۵٫ فرم تکمیل شده را از طریق رایانامه، به آدرس info-at-takapouzist.com ارسال کنید. (نیازی به ارسال فرم پرینت شده به همراه نمونه نیست).

 

آماده سازی و ارسال نمونه

 

راهنمای آماده سازی و ارسال نمونه

۱٫ حداقل حجم نمونه به ازای هر خوانشμl 20 است (برای پلاسمید می بایستی غلظت ۲۰۰-۱۵۰ ng/μl و برای محصول PCR حدود ۵۰ ng/μl باشد).
۲٫ حجم پرایمر مورد نیاز، به ازای ۱ تا ۵ خوانش، μl 15-20 (غلظت pM 5) است. برای تعداد بیشتر خوانش به ازای هرخوانش μl 5 به حجم پرایمر ارسالی اضافه کنید.
۳٫ نمونه ها را فقط در تیوب های ۱٫۵ میلی لیتری ارسال کنید (از پذیرش تیوب های ۰٫۵ و ۰٫۲ میلی لیتری معذوریم).
۴٫ نام نمونه ها را حداکثر از ۵ حرف/نشانه و انگلیسی انتخاب کنید. نام های نوشته شده در روی تیوب ها با فرم یکی باشد.
۵٫ نام را به صورت خوانا با ماژیک (مارکر مقاوم به آب) و حتماً روی درب ویال ها بنویسید. حتماً درب تیوب ها را با پارافیلم به طور کامل ببندید.
۶٫ در مورد پلاسمید، امکان پذیرش باکتری وجود ندارد. لطفاً پلاسمید تخلیص شده را ارسال کنید (روش ها/ کیت های مبتنی بر تعویض یونی توصیه می شود).
۷٫ برای بهبود کیفیت خوانش ها و کم کردن احتمال عدم موفقیت واکنش تعیین توالی؛محصول PCR می بایست از زواید باقیمانده از واکنش PCR (نمک ها، رنگ و پرایمر دایمر) باشد. لطفاً یا خودتان تخلیص را انجام دهید یا در فرم در ستون رمزینه تخلیص،"S-3010-3" را بنویسید.
۸٫ اگر محصول PCR تان چند باند یا اسمیری است لطفاً:
• شرایط واکنش PCR تان را بهینه کنید تا تک باند به دست آورید.
• خودتان باند مورد نظرتان را از ژل استخراج کنید یا در فرم، در ستون رمزینه تخلیص، "S-3010-4" را بنویسید.
۹٫ DNA را در آب ارسال کنید و از ارسال آن در بافر TE اجتناب کنید. لطفاً عکس ژل را همراه با نمونه ها ارسال کنید.
۱۰٫ توصیه می شود نمونه ها را روی یخ بفرستید، در این صورت جهت جلوگیری از مرطوب شدن احتمالی نمونه ها، آنها را داخل کیسه/ زیپ کیپ مناسب قرار دهید.
۱۱٫ نمونه ها را به نشانی تهران، خ سهروردی شمالی، خ خرمشهر (آپادانا)، انتهای خ شهید عربعلی (نوبخت)، خ نسترن، پلاک ۴، طبقه اول. کدپستی: ۵۳۳۹۹۴۶۵۱ ارسال کنید (از ارسال نمونه به صندوق پستی جداً خودداری کنید).
۱۲٫ توصیه می شود:

در تهران: نمونه ها توسط مشتری و یا پیک به آدرس شرکت تحویل داده شوند.
در شهرستان ها: نمونه ها یا داخل پاکت های حبابدار و توسط پست پیشتاز و یا از طریق شرکت های حمل و نقل بین شهری (چاپار، تیپاکس و ...) به نشانی شرکت ارسال شوند:

مهم: از ارسال نمونه ها به صندوق پستی شرکت جداً خودداری شود.

پرسش های متداول

۱٫ حداکثر طول قابل خوانش چه اندازه است؟

حداکثر طول قابل خوانش ۶۵۰ باز است.

۲٫ آیا امکان بررسی نتایج با نرم افزار دیگری وجود دارد؟

ما این کار را توصیه نمی کنیم ولی می توانید امتحان کنید.

۳٫ محصول PCR من دارای باند غیر اختصاصی است، برای انجام تعیین توالی چه کنم؟

محصول PCR خود را بر روی ژل برده و قطعه ژل حاوی باند مورد نظر خود را بریده و تخلیص باند از روی ژل انجام دهید و یا می توانید رمزینه این نوع تخلیص را داخل فرم تعیین توالی انتخاب کنید تا برای شما انجام شود.
نکته: لطفاً مشخص شود که کدامیک از باندها (با چه طولی) می بایست استخراج و توالی یابی شود.

۴٫ محصول PCR من از غلظت مناسبی برخوردار نیست چه کار کنم؟

• شرایط PCR تان را بهینه کنید.
• در صورتیکه به هیچ عنوان امکان بهینه سازی وجود ندارد، نمونه تان را تغلیظ کنید.

۵٫ منظور از اینکه می گویید نمونه تان تخلیص شده است یا نه چیست؟

منظور این است که:

  • اگر نمونه شما پلاسمید است آیا تخلیص پلاسمید از باکتری را انجام داده اید؟ اگر پاسختان خیر است، حتماً اینکار را انجام دهید چون نمونه باکتری پذیرش نمی شود.
  • اگر نمونه شما محصول PCR است، آیا محصول مستقیم PCR را می فرستید یا آن را خالص کرده اید؟ بدین معنی که با کیت یا روش دستی آنزیم، نمک ها، پرایمر و غیره موجود در محصول PCR که گاه موجب ایجاد مشکل در روند تعیین توالی می شود را جدا کرده اید؟ اگر پاسختان خیر است:
    • در ستون رمزینه تخلیص، کد S-3010-3 را بنویسید تا نمونه تان تخلیص شود.
    • با استفاده از کیت های ستونی (می توانید از خودمان تهیه کنید) یا سایر روش ها نمونه تان را تخلیص کنید و نمونه تخلیص شده را برای ما ارسال کنید.
  • اگر محصول PCR شما تک باند نیست یا خودتان باند مورد نظرتان را از ژل استخراج کرده و محصول خالص سازی را برای ما ارسال کنید یا محصول PCR تان را برای ما بفرستید ولی حتماً طول قطعه (باند) مورد نظر را در فرم نوشته و در ستون "رمزینه تخلیص" کد S-3010-4 را وارد کنید تا تخلیص قطعه مورد نظرتان توسط شرکت بایونیر انجام شود.
۶٫ قطعه من ۱۲۰۰ جفت باز است، برای تعیین توالی آن چه کار کنم؟

چون حداکثر طول قابل خوانش حدود ۶۵۰ باز است، بنابر این برای این که بتوانید قطعه تان را توالی یابی کنید، کافی است با دو آغازگر رفت (Forward Primer) و آغازگر برگشت(Reverse Primer) خوانش انجام دهید.

۷٫ قطعه من n جفت باز (هر تعداد بیش از ۱۲۰۰ جفت تا ۲۰ کیلو جفت باز) است، برای تعیین توالی آن چه کار کنم؟

الف) شما می توانید خودتان بازای هر ۵۰۰ تا ۶۰۰ باز، یک پرایمر طراحی کنید. سپس نمونه تان را با این پرایمرها تعیین توالی کرده و با ردیف کردن (align) نتایج، توالی کامل را به دست آورید.
ب) و یا می توانید از سرویس Primer Walking استفاده کنید، فقط کافی است پرایمر مستقیم و معکوس خود را بفرستید(یا توالی ابتدا/ انتهای قطعه خود را بدانید).
برای دریافت اطلاعات بیشتر با ما تماس بگیرید.


۸٫ قطعه من بزرگتر از ۲۰ کیلو جفت باز است،برای تعیین توالی آن چه کار کنم؟

در روش کلاسیک (غیر از NGS)، تعیین توالی قطعات بزرگتر از ۲۰ کیلو باز و یا ژنومها به طریق کلونینگ و  استفاده از تفنگ الکترونی و احداث کتابخانه ژنومی صورت می گیرد و در مورد هزینه ها باید استعلام کنید.


۹٫ اگر بخواهم توالی پرایمرهایم را در نتیجه تعیین توالی ببینم، چه باید بکنم؟

برای این منظور باید نمونه در دو جهت رفت و بر گشت تعیین توالی شود، در این صورت اگر تعیین توالی تا انتهای رشته به صورت کامل و بدون مشکل صورت گیرد، توالی آغازگر رفت (Forward Primer) در انتهای قطعه خوانش شده با آغازگر برگشت(Reverse Primer) و توالی آغازگر برگشت(Reverse Primer)در انتهای قطعه خوانش شده با آغازگر رفت (Forward Primer ) دیده خواهد شد.


سوال/ ابهام های مربوط به تعیین توالی پس از ارسال نتیجه

۱٫ چرا نتیجه تعیین توالی کوتاه خوانده شده است؟

دراین صورت یا نمونه از غلظت مناسب برخوردار نبوده است و یا پرایمر مربوط برای تعیین توالی مناسب نبوده.

۲٫ نتیجه تعیین توالی خوب نشده است و منحنی ها قابل تفکیک نیستند؟

• اگر این حالت در کمتر از ۱۰۰ نوکلئوتید اتفاق افتاده است نمونه شما دارای پرایمر دایمر است.
• اگر در بیشتر از ۱۰۰ نوکلئوتید اتفاق افتاده است نمونه شما دارای باند غیر اختصاصی/اسمیر است.

۳٫ توالی قطعه خوانش شده با آغازگر رفت (Forward Primer ) با قطعه خوانش شده با آغازگر برگشت(Reverse Primer) همخوانی ندارد و هنگام هم ردیف سازی(alignment) یکسان نیستند.

دلیل این حالت عدم انتخاب جایگاه درست آغازگر رفت(Forward Primer ) و آغازگر برگشت(Reverse Primer) در قطعه مورد نظر است.


۴٫ تعیین توالی هیچ نتیجه ای نداده است ویا ناموفق بوده است (failed) .

در این صورت حتماً یا نمونه دارای کیفیت مناسبی از نظر غلظت نبوده است و یا تک باند نبوده است و روی ژل به صورت کشیده (اسمیر) دیده می شده است.

برنامه زمان بندی
ارسال نمونه ها به خارج از کشور

ارسال نمونه ها برای تعیین توالی به خارج از کشور،  بصورت هفتگی انجام می شود. تنها نمونه های واجد شرایط (مطابق روند شرح داده شده در راهنمای آماده سازی و ارسال نمونه) و تایید شده توسط مسؤول فروش منطقه ای* که تا ساعت ۱۶ روز چهار شنبه به شرکت واصل شده باشند، در سفارش آن دوره قرار خواهند گرفت.

* فردی که در واحد فروش مسؤولیت دانشگاه، مرکز، استان و … شما را به عهده دارد .

لطفا دقت شود که شرکت از ارسال نمونه هایی که فایل اطلاعاتی کامل آنها به شرکت واصل نشده باشد معذور است.


تحویل نتایج

زمان تحویل نتایج بین یک تا سه هفته از زمان دریافت نمونه ها است.

نتایج توسط رایانامه (email) به نشانی رایانامه (ها) ای که در فرم آمده است در قالب های زیر ارسال می شود.


۱٫ فایل متن ساده (txt.*) شامل توالی نوکلئوتیدها.
۲٫ فایل کروماتوگرام قابل بررسی با نرم افزار Chromas و یا Bioedit.
3. فایل pdf.